作为卫生行政部门和公立医院“管办分开”的重要改革步骤，北京市成立了医管局。但这个机构并非独立设置，引发不少批评。
7月28日，北京医管局举行成立揭牌仪式，北京医管局为卫生局下属的二级局，局长由北京市卫生局局长方来英兼任，副局长由北京市卫生局副局长毛羽兼任。舆论认为，二级局的设置离“管办分开”的目标相距甚远。
据财新记者了解，北京市曾一度希望在卫生局之外成立相对独立的医管局，但这一选择最终被放弃，其间经历了从卫生部到北京市方面相当微妙的考量。
中国社会科学院经济研究所研究员朱恒鹏对财新记者透露，“北京市希望医管局独立于卫生局，或者直接划给国资委。”
但2010年6月发布的北京市医改方案中已确定“按照政事分开、管办分开的要求，设立由市卫生局管理的市医院管理机构”。一年后，方案被明确为在卫生局下设二级局，与北京市中医药管理局、北京市药品监督管理局平级。
卫生部部长陈竺对此设置给予了首肯。他在揭牌仪式上评价道：“北京医改的方向和举措符合中央精神，符合卫生事业发展规律，也符合首都的实际情况。”
北京医改专家组成员、首都医科大学社会医学系教授崔小波在接受财新记者采访时表示，“独立的医管局对人员和经验有更高的要求，而对管办分开这样一种全新的管理方式，大家都没有经验，所以决定还是先设二级局，摸索着往前走。”
分管医疗的北京市副市长丁向阳坦言，鉴于本市医疗机构隶属关系不同等原因，医管局尚挂在卫生局下，是卫生局的二级局。毛羽则在接受财新记者采访时表示，“医管局下设在卫生局之下，更便于协调。”
但在朱恒鹏看来，北京市的选择背后另有隐情。“主要是来自卫生行政部门的压力。”朱恒鹏对财新记者称，“卫生行政部门不允许成立独立于卫生局的医管局。”
北京大学政府管理学院教授顾昕在其领衔起草的《地方医改方案综合评述》一文中指出，卫生主管部门对“管办分开”原则的理解是“内分外不分”，或“管办分开不分家”。
一位接近卫生部的专家对财新记者分析说，卫生部反对部门外的管办分开，一方面是出于利益考虑，“一旦分开，卫生部就会像证监会、药监局一样，权力大大削弱”；另一方面，“有不少人认为，医院如果不是政府自己来办，遇到重大突发事件时就无法动员，这是理念之争”。
