挂牌当日，国家食药总局发布公告称，有关机构改革工作正在抓紧进行。目前，包括药品审批在内的原国家食品药品监督管理局承担的监管事项仍按原有规定办理。
记者采访北京市药监局、浙江省药监局相关人员，他们均表示目前尚未收到任何整合食品监管的任务，都在等待总局的安排。至于人员编制等问题，都得等到省市政府的调剂。
据了解，此次机构改革之前，食品安全监管是由国务院食品安全委员会和卫生部(现为国家卫生和计生委)牵头，农业部、国家质检总局、国家工商总局、国家药监局等部门分段监管的格局，其中国家药监局仅为副部级单位。
中国工程院院士、国家食品安全风险评估中心研究员陈君石认为，过去分段管理的“缝”很大，三聚氰胺、瘦肉精等食品安全事件都可以追溯到分段管理的弊病。
中国人民大学农业与农村发展学院副院长郑风田认为，此前几个部委都有自身主要的职能，安全职能是额外加上去的，基本上只管产业不管安全，而且既当“运动员”又当“裁判员”，因此需要把分散的安全责任集中到一个部门。
按照十二届全国人大一次会议审议通过的《国务院机构改革和职能转变方案》，国务院食品安全委员会办公室以及国家食品药品监督管理局的职责、国家质量监督检验检疫总局的生产环节食品安全监督管理职责、国家工商行政管理总局的流通环节食品安全监督管理职责加以整合，组建国家食品药品监督管理总局。
相较于“九龙治水”式的分段监管，现在食品安全监管形成了由管源头的农业部门、管生产流通和终端的食药部门、负责风险评估与标准制定的卫生部门三家组成的新架构，趋向于一体化的监管体制。
在不少专家看来，部门调整只是形式，关键还是要将监管责任做实。中国疾病预防控制中心营养与食品安全所所长严卫星告诉《经济参考报》记者，食品安全主要集中由一个部门来做监管，部门内部就要设置好，即哪些人是管决策的，哪些人是管执行的，哪些人是管监督的，使权力的运行相互制约，不能既是决策者又是执行者，同时还监督自己。“职能调整过程中要本着人、财、物随着事走的原则，避免低水平的重复建设，同时不至于因为职能调整对整个食品安全工作产生较大的动荡。”严卫星说，如果没有一个全面的考虑，那食品安全工作有机衔接的周期就会比较长。
陈君石认为，这次机构改革不是一步到位，比如食品安全标准制定和执行仍然分属于两个不同的政府部门，可能还会有矛盾产生。而且当前中国农业生产太分散，食品加工中小企业数量太多，这种背景下不能期望短期内就能完全解决中国食品安全问题。
