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新型全基因组扩增方法效率优势明显

转载 来源: 生物谷 2017/4/19 14:57:22

近日,刊登在国际杂志Science上的一项研究报告中,来自哈佛大学的研究人员通过研究开发出了一种新型的全基因组扩增方法,这种方法优于当前使用的其它基因组扩增方法;在这项研究报告中,研究者对这项技术进行了描述,同时阐明了这项技术如何用于测定人类细胞暴露紫外辐射后所出现的单核苷酸改变。

随着科学家们不断完全深入理解机体的基因组,新型的研究工具也在不断诞生,其中一种研究就是探究人类机体近乎一样的细胞之间的差异,比如胚胎细胞等,每个细胞都有自身独特的基因组,甚至在相同的有机体中都是这种情况;此前研究中,研究者开发出了能够放大细胞间差异的工具,这不仅能够帮助更好地理解基因组工作的原理,还具有一定的实际应用;其中研究者就开发了一种名为MALBAC的工具来研究并且测定单一细胞间的遗传改变,其能够在体外受精中对胚胎进行筛查,但研究者指出,这种技术往往也受限于等位基因的丢失,而这常常会限制他们了解单核苷酸突变的过程。

这项研究中,研究人员发现了一种新方法来改善MALBAC工具,这种改进版的工具名为LIANTI(Linear Amplification via Transposon Insertion,通过插入转座子来实现线性扩增),该工具有千个碱基的分辨率。LIANTI能够通过利用研究者所设计的转座子来破碎细胞遗传物质,转座子就是一种特殊的DNA片段,其能够改变在基因组中的位点,这种新型工具有19个碱基对长的转座子结合位点以及单链的T7启动子环状结构,转座子能够为该工具携带特殊的其中自,而启动子就能够用来对下游的DNA进行扩增,从而产生出用于测序的文库,早期研究结果表明,这种工具优于目前研究者所使用的工具。

最后研究者将人类细胞暴露于紫外线下检测了这种新型技术的作用机制,随后对细胞所发生的改变进行了测定,这种新方法对基因组的覆盖率能够达到97%,这要比其它技术覆盖率高很多。

(责编:张晓萌 )

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Q:尖锐湿疣的病因是什么?

尖锐湿疣病因,人类乳头瘤病毒属于乳头瘤空泡病毒A属,为一组小DNA病毒,直径为55nm,无脂蛋白包膜,由72个病毒壳粒构成的对称20面体,其基因组为一环状的双链DNA,含7.9kb,分子量为5000000,在HPV的基因结构和功能研究方面,其开放阅读框架(ORFs)E6,E7,E1,E2,E4,E5,L1,L2和E3,E8及相应的基因编码蛋白受到高度重视,HPV有多种型别和亚型,人们最初是通过低于50%已知HPV类型DNA交叉杂交率来确定一种新的HPV型别,通过高于50%交叉杂交率而内切酶不同来确定新的亚型,目前采用的分型标准为:待定HPV基因组ORF的E6,E7和L1序列较已知型别同源性低于90%即为新类型,有2%~10%的差异为新亚型,差异小于2%者为同型变异,基于PCR技术现已将HPV分为超过100种类型,其中约75种已完成分子克隆和基因测序。

Q:诺瓦克病毒性胃肠炎征的病因是什么

您好,发病原因:诺瓦克病毒呈球形,直径27nm左右。无包膜,为单股正链RNA,在宿主细胞核中复制。其基因组包括3个开放读码框架,ORF1编码具有RNA多聚酶性质的非结构蛋白前体,ORF2编码一种相对分子量约为57kD的衣壳蛋白。此蛋白有抗原性,也能产生抗体。ORF3编码一种分子量约22.5kD的蛋白质,其作用尚不清楚。目前,诺瓦克病毒和诺瓦克样病毒没有系统的分类和命名,诺瓦克病毒为这类病毒最具有代表性的一种。开始归类于小圆结构病毒,因为颗粒直径均为30nm左右,而且彼此形态上不能区分,临床情况相似。但是目前众多学者的研究表明,该病毒在基因组结构、编码蛋白及病毒的形态结构上都与杯状病毒最相似,故在病毒分类上已经归于杯状病毒科。目前,根据RNA多聚酶区的核苷酸序列或其所编码氨基酸序列的相似性,将诺瓦克样病毒至少分为3个基因组,各组代表株分别为NV、SMA和Sapporo组分。其中SMA基因组可分为两个亚组,SMA和HWA为一亚组,另一亚组包括MXV、Minireovirus、Oth-25和Bristol virus。3个基因组中的Sapporo组在形态上更似杯状病毒,在核苷酸序列上也更接近于动物杯状病毒,而与其他两组病毒相似性低。诺瓦克样病毒的分型还有待于进一步研究。该病毒耐酸、耐乙醚,对热稳定,60℃ 30min不能完全灭活,在pH 2.7的环境中可存活3h,在氮化铯中的浮力密度为1.36~1.41g/cm3。

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