自1955年至1978年，结束了长达23年的驻军医院时期。1978年5月1日，根据中国人民解放军总参谋部批复和总后勤部通知，中国人民解放军一〇三医院从福建永安迁址广州，归属第一军医大学，对内称第二附属医院，对外称珠江医院。
1978年5月1日，医院归属第一军医大学建制，同年12月具有重大历史意义的党的三中全会胜利召开，会议确定全党工作重点转移到经济建设上来。
乘三中全会东风，医院于1979年5月召开了第一次全体党员大会，认真总结过去，精心谋划未来，提出了建设目标，确定了工作重点，以这次会议为标志，医院建设与发展进入了一个新的历史时期。
医院由隶属解放军福州军区后勤部，转为归建总后勤部第一军医大学领导，从福建永安迁址广州。
这一阶段，医院重点完成了搬迁转移、新院区规划设计、营建施工和门诊开业等工作。同时，积极承担军医大学教学任务。全院上下团结一心、艰苦奋斗，圆满完成了各项工作，受到总后勤部和第一军医大学领导、机关的高度赞扬。
●改建命令
（1978）参务字第12号批复和（1978）后司字第569号通知医院归属第一军医大学，1978年6月10日对外正式启用“中国人民解放军第一军医大学第二附属医院”印鉴和称呼。
●移交搬迁
1978年4月22日，医院搬迁交接工作会议在福建省福州市召开。1981年7月，福州军区后勤部召开了有后勤12分部、723医院和珠江医院领导参加的移交工作会议。会后，医院向723医院移交原103医院营地面积130815平方米，营房75栋，医疗器械1266件，药品1226件，以及军需物品等。
从1981年9月11日至10月13日，全院干部、家属和子女567人，各种物资6422立方米，分乘四个专列99节车厢，在规定时间内安全抵达广州。
●营建施工
1980年10月2日，医院在广州的新院址营建工程正式动工。新的院址选址在广州市海珠区庄头，当时的庄头还是广州城乡结合部，到处都是菜地和农房，整个建设工地条件很艰苦。
全院同志在董心艾院长等领导的带领下，团结一心，发扬拼命三郎精神，没地方住就住在废弃的猪圈内，没通电就人手一个手电筒，没日没夜的搞建设，加班加点平整土地，通水通电通路。工地上尘土飞扬没一条水泥路，全院同志平常都是穿着胶鞋水鞋上班。
总后勤部给医院下达的营建任务是建筑面积68062平方米，经费2170万元，医院最后实际完成建筑面积69700平方米。到1981年10月，仅一年时间，院区就有9栋营房共20171平方米竣工并交付使用，为医院从永安向广州搬迁创造了条件。
从1980年10月开工到1984年底，完成了建筑面积为68207平方米的医疗用房和宿舍，提前两年完成了建设任务。
●医疗工作
与此同时，在总后勤部和兄弟院校、医院的大力支持下，医院陆续从第二、第三、第四军医大学和南方医院等其他部队兄弟单位调来技术骨干，补充人才队伍，积极做好开诊准备。
1983年1月15日，医院新落成的门诊楼正式开诊，展开床位189张。当年门诊量250262人次，收容病人3822人次，治愈出院3636人次。
1985年2月12日，32020平方米的十四层住院部大楼竣工投入使用，设有500张床位，配备有头部CT、生化检测仪、一千毫安X光机等先进医疗设备，标志着医院向正规化教学医院迈进。
●教学工作
医院迁址广州后，组建了12个教研室。从1979年至1984年5年间，承担了第一军医大学军医专业5期306名学员临床教学和71名进修生的培训任务。1984年开始招收研究生。
●科研工作
科研工作开始起步。从1979年到1984年5年间，共完成了43项科研课题，17项获总后科研成果奖，其中三等奖1项，四等奖2项，五等奖14项，23人在军内外刊物上发表论文56篇。
●政治工作
1978年9月，第一军医大学党委确定医院成立临时党委常委。1979年5月17日至19日，在福建永安市召开了第一次全体党员大会。
从1979年到1984年，共为医院在全军选调技术干部449名，其中，主治军医、讲师以上干部81名，从根本上改善了技术干部队伍缺编严重和结构不合理的状况。
1983年开始，医院与广州市南华西街、工业大道小学、第49中学结成共建对子，开展军民共建精神文明活动。
迁赴广州后的医院新门诊楼
医院与广州市海珠区南华西街开展军民共建活动
