2004年8月24日，根据中央军委的命令，珠江医院告别57载军旅，随第一军医大学整体转制移交广东省政府。解放军审计署核定了医院固定资产总值，全院整体移交的577名在职干部，从此脱下军装，随医院融入南粤羊城，开始肩负省级三级甲等医院的责任。
新医疗区建设2004年正式奠基
2004年-2006年，在保证平稳过渡的同时，医院顺利完成了转制任务，迅速启动军地接轨系列工作，从政策、制度、法规、人事、财务等全方位积极融入地方。制订了医院"十一五"建设发展规划、学科建设中长期规划，修订完善了200余项规章制度，以医教研为中心的各项工作保持持续、协调、稳步发展。
2004年08月
经解放军总后勤部批准，珠江医院新医疗区建设项目正式立项，举行了奠基典礼。2005年新医疗区工程完成了16.5万平方米主体结构施工，于12月26日顺利封顶。
2005年07月
医院顺利完成了编制体制变更和对接工作，召开了转制后首届领导班子任职宣布大会，第一届领导班子及机关处室负责人调整到位。
开展 “病人选医生”改革试点工作
在此期间，医院扎实进行了保持共产党员先进性教育，全院52个党支部，567名党员参学率达到100%。组织开展了迎春文艺晚会、“珠江杯”球赛、书法摄影展等各类文体活动，营造了安全稳定的和谐氛围。
此外，医院还积极开展了“医院管理年”活动；组建了专项办公室，通过动员和学习，强化了全院医务人员依法执业的意识，清理了医疗合作项目，审查了全院工作人员的资质，开展了以“查找十个突出问题，制定十项改进措施”为主题的“双十”活动，促进了医院全面建设；开展了“病人选医生”改革试点工作，大幅提高了医务人员工作效率，显著改善了医患关系，建立起公开、公平的竞争机制。
2项科研成果获2005年中华医学科技奖一等奖
教学方面，医院2005年通过了国家临床一级学科博士点评审，《儿科学》成为省级精品课程建设项目，《外科学》为校级精品课程，临床医学成为我校6个名牌专业之一。
医院积极组织科研基金项目申报和评审，获得各类基金78项，资助总额880万元。2004年6月，车小燕科研团队研发的非典型性肺炎抗原诊断试剂盒获得国家食品药品监督管理局颁发的两个新药证书和生产批准文号。这是广东省防治非典型性肺炎（SARS）科技攻关取得的世界级重大成果，更是国际上首个研制成功的非典型性肺炎病毒血清抗原检测试剂产品，作为我国SARS研究的标志性成果之一入选2004年中国医药科技十大新闻。《中华神经医学杂志》成为中国科技核心期刊。
2005年，舒斯云、车小燕教授的科研成果双双荣获中华医学科技奖一等奖，2006年徐如祥教授荣获"中国医师奖"。
医院中心实验室相继研制出禽流感诊断试剂盒和登革热快速诊断试剂盒，为预防流行性疾病暴发流行提供技术支持。
在此期间，医院还与羊城晚报、海珠区开展了“送医送药送健康进社区”系列活动，组织了赴广西百色、内蒙古、惠东等贫困地区的巡回义诊，和广东多家基层医院确立了对口支援帮带关系，派出骨干参与了广东省智力扶持山区活动以及团省委组织的"送医送药送健康进高原"活动。
2004年8月24日珠江医院随第一军医大学整体转制移交广东省政府
2005年，舒斯云、车小燕教授荣获中华医学科技奖一等奖
国际上首个研制成功的非典型性肺炎病毒血清抗原检测试剂产品
开展“病人选医生”改革试点工作
珠江医院随第一军医大学整体转制
