迈入21世纪，珠江医院在党中央、解放军总后勤部和第一军医大学的领导下，坚持以邓小平理论、“三个代表”重要思想和军委新时期军事战略方针为指导，在改革和发展的道路上进一步探索。医院在提升医教研质量的同时，更加注重医院文化内涵建设和社会责任的担当。
医院第六次党代会胜利召开
医院积极开展学习实践“三个代表”重要思想、保持共产党员先进性教育活动和党的“十六大”精神理论学习，思政建设在落实“两个提供”中充分发挥保证作用，持续加强了党支部为核心的基层建设。
2003年，医院第六次党代会胜利召开；第一军医大学创建学习型党委、机关汇报交流会在珠江医院召开，《珠江医院报》创刊。
重点打造六大技术平台
医院坚持以“创名牌学科、育一流人才”为目标，学科人才在进一步调整优化中提升实力，重点打造了移植、微创、介入、生殖医学、免疫、多能干细胞移植技术6大平台。
2002年医院与空军广州管制中心、广东省通用航空公司联合成立航空医疗救护中心，成为国内首家成立航空医疗救护中心的医院。此外，医院还加强了信息网络建设，“军卫一号”信息系统正式启用。
科研成果获军队科技进步一等奖
新世纪，医院深化了教学改革，建成了“教学数码港”，创新了“以问题为中心、以症状为主线”的教学模式；成功完成了野战教学任务。
科研工作紧跟前沿，抢占制高，召开了首届科学技术大会，总结了“九五”以来的科研工作，国家“863”计划、“十五”重大攻关、国家自然科学基金等高等级科研项目取得突破。
舒斯云教授主持的“脑纹状体边缘区研究”被评为军队科技进步奖一等奖、2001年中国医药科技十大新闻。2002年，《中华神经医学杂志》正式创刊。
积极开展抗击非典工作
2003年1月，非典型肺炎SARS在全球22个国家和地区爆发蔓延，粤港澳地区是我国非典重灾区，疫情十分严峻。
珠江医院成立了非典型肺炎收治专病区，积极开展抗击非典工作，先后收治非典病例42例，高度怀疑病例9例，治愈37例，明确诊断疑似病例870余例，圆满完成了上级赋予的非典型肺炎防治任务。
2003年5月，医院两批共35名医务人员参加第一军医大学赴北京小汤山抗非医疗队，并圆满完成抗非任务，6月30日凯旋。
呼吸内科、临床检验科荣立集体三等功，6个科室被树为“防治非典标兵单位”和“先进集体”，85人被树为“防治非典标兵”和“先进个人”。
全球首个SARS检测试剂盒问世
医院中心实验室车小燕研究员带领科研团队率先向广东省科技厅请缨，与香港大学微生物系袁国勇教授通力合作，迅速对非典型性肺炎（SARS）的快速诊断展开科研攻关。
2003年11月，车小燕在国际上率先建立以非典型性肺炎冠状病毒N蛋白为靶抗原的早期诊断技术，并用该技术研制出两种简易用于检测非典型性肺炎病人血中病毒抗原的诊断试剂盒（酶联免疫法和化学发光法）。全国首家通过中国生物制品检定所的技术考核，为非典防控争取了宝贵的时间，为有效控制非典蔓延做出了卓越贡献。
“非典”快速早期诊断试剂盒问世
车小燕研究员带领团队展开科研攻关
舒斯云教授获军队科技进步一等奖
医院85人被树为“防治非典标兵”和“先进个人”
医院召开第六次党代会
珠江医院医疗队赴京抗击非典
