传统治疗与脱敏治疗在副作用方面存在显著差异，主要体现在药物不良反应、免疫系统影响、局部反应、全身反应、长期影响等方面。
1. 药物不良反应：传统治疗常使用各类药物，如抗生素类的阿莫西林、头孢克肟，糖皮质激素类的泼尼松等。这些药物可能引发多种不良反应，阿莫西林可能导致皮疹、腹泻等；头孢克肟可能引起恶心、呕吐等胃肠道不适；泼尼松长期使用可能造成骨质疏松、血糖升高等。而脱敏治疗主要是通过逐渐增加过敏原剂量来诱导免疫耐受，使用的过敏原提取物相对较为安全，药物不良反应相对较少。
2. 免疫系统影响：传统治疗中的一些药物可能会抑制免疫系统，例如环孢素、他克莫司等免疫抑制剂，会降低机体的抵抗力，增加感染的风险。脱敏治疗则是调节免疫系统，使机体对过敏原产生耐受，增强免疫系统对过敏原的适应性，一般不会过度抑制免疫系统。
3. 局部反应：传统治疗在局部给药时，如外用药物，可能会引起局部皮肤的刺激、瘙痒、红肿等。像外用的维A酸乳膏可能导致皮肤干燥、脱屑、灼痛等。脱敏治疗在注射过敏原提取物时，局部可能会出现轻微的红肿、瘙痒，但通常程度较轻，且会在短时间内自行缓解。
4. 全身反应：传统治疗中的某些药物可能引发严重的全身反应，如青霉素可能导致过敏性休克，严重危及生命。脱敏治疗虽然也可能出现全身反应，但发生率相对较低，且症状一般较轻微，如轻度的哮喘发作、荨麻疹等。
5. 长期影响：长期进行传统治疗，某些药物可能会对身体的重要器官造成损害，如长期使用氨基糖苷类抗生素可能导致听力下降、肾功能损害等。脱敏治疗如果能够成功诱导免疫耐受，从长期来看，有助于改善过敏症状，减少过敏发作的频率和严重程度，对身体的整体健康有益。
传统治疗与脱敏治疗在副作用方面各有特点。传统治疗使用的药物多样，可能会带来多种药物不良反应、对免疫系统有抑制作用、局部和全身反应可能较为严重，还可能存在长期的器官损害风险。而脱敏治疗相对来说副作用较少，主要以调节免疫系统为主，局部和全身反应通常较轻微。在选择治疗方法时，应根据患者的具体情况，权衡利弊，在医生的指导下进行。同时，无论选择哪种治疗方法，都应密切关注身体反应，遵医嘱进行治疗。