约翰斯·霍普金斯医学院的研究人员近期在《科学转化医学》（Science Translational Medicine）上发表的研究成果表明，过去五年间十余项声称绝大多数人类癌症类型与微生物组（细菌、病毒和真菌群落）存在关联的研究存在显著偏差。通过对5,734个来自25种癌症类型的组织样本进行基因组测序分析，他们发现肿瘤组织中的微生物DNA序列数量远低于此前同类研究的报告结果。
该研究首席科学家、约翰斯·霍普金斯大学生物医学工程、计算机科学及生物统计学杰出教授史蒂文·萨尔茨伯格（Steven Salzberg）指出："科学的本质在于验证和重现研究结果。我们的分析显示，微生物组与多数癌症类型之间并不存在显著关联。"研究团队利用美国国家癌症研究所资助的癌症基因组图谱（TCGA）数据库，对包含实体肿瘤和血液癌症的样本进行了全基因组测序数据分析。
研究显示，每个组织样本的测序数据平均包含65亿条DNA片段（称为读段）。为排除污染物干扰，团队采用双人类基因组参考序列（T2T项目和基因组参考联盟数据）过滤系统，成功分离出人类DNA序列。在去除人类DNA后，平均每个样本剩余约240万条非人类DNA读段（占总量的0.35%），其中包含3.23亿条未能完全排除的人类DNA读段和9.86亿条被标记为污染物的序列。
通过比对包含50,651个物种基因组的微生物数据库，研究人员发现实体肿瘤样本中微生物DNA占比0.57%，血液癌症样本为0.73%。与2019年《自然》杂志撤稿研究相比，当前研究检测到的微生物读段数量仅为前者的1/56，5%样本的微生物读段量甚至低至前研究的1/9000。萨尔茨伯格强调："撤稿研究中的微生物信号极可能是污染物所致。"
在验证已知致癌微生物时，研究确认了HPV（宫颈癌及头颈癌）、幽门螺杆菌（胃癌）、具核梭杆菌和脆弱拟杆菌（胃肠道癌症）等传统关联微生物的存在。但同时也发现了常见的实验室污染物酿酒酵母菌（面包酵母）以及植物真菌病毒（如玫瑰单丝壳菌分体病毒8型）等无明确人类致病关联的微生物。
该研究团队特别强调，随着利用微生物组数据开发癌症早筛技术的热潮兴起，建立严谨的科学验证体系至关重要。所有测序分析数据已通过《科学转化医学》补充材料和在线平台向科研界开放共享。共同作者包括珍妮弗·卢（Jennifer Lu）、丹妮拉·普鲁（Daniela Puiu）和马勒·雷夫辛（Mahler Revsine）。
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