南方医科大学中西医结合医院隶属于南方医科大学（原第一军医大学），大学紧跟广东省建设“中医药强省”计划，决定以中医药学院为依托，发挥学校国家重点学科中西医结合临床医学学科群和学校中医中药、西医等学科齐全的优势，在南校区广州海珠区石榴岗新建一所具有1000张病床规模，融医疗、教学、科研为一体、国内一流的研究型三级甲等现代化中西医结合医院。广东省委、省人民政府《关于建设中医药强省的决定》（粤发[2006]3号）明确提出：“支持南方医科大学发挥中西医结合学科群优势，建设一所投资主体多元、医教研一体、国内一流水平的南方中西医结合医院”。
中医药学院前身是原中国人民解放军第一军医大学中医系，有35年的发展历史，原是全军唯一的中医药医教研基地。现有国家重点学科1个（中西医结合临床），国家中医药管理局重点学科5个（中医脑病学、中医肾病学、中药制剂学、中医痹病和中药药理学），重点专病3个（中西医结合风湿病、中西医结合慢性头痛病、针灸推拿），是国家中医药管理局“治未病专科中心”，还有广东省中医药局重点专科2个（中西医结合脾胃科、中西医结合肝病科），国家中医药局科研三级实验室3个（中药制剂、中药药理和分子生物学实验室），广东省重点实验室1个（中药新药研究室）。中医药学院专家早期研制的三九胃泰、壮骨关节丸、正天丸、金关片、尿毒清中药新药等享誉海内外，产生了较好的经济效益和社会效益。
南方医科大学中西医结合医院于2006年10月开业，医院二期工程——新住院楼于2010年5月正式启用，床位数达到400张。医院坚持“以西医为基础，中医为特色，中西医结合为优势”的办院理念，经过几年的发展，逐步形成了特色比较明显的中医、中西医结合诊疗体系，在中医药防治肾病、脑病、慢性头痛、风湿病、脾胃病、肝胆病、老年心血管病、慢性软组织损伤、退行性骨关节病、肿瘤、内科疑难杂症等多方面在省内外享有较高声誉。医院现有一批包括中央军委保健组成员在内的名中医老专家，他们技术精湛，在国内及港澳台、东南亚地区享有盛名。西医力量拥有附属南方医院、珠江医院的大力支持和保障，中西医强强联合，着力创办和发展一批中西医结合特色专科，雄踞广州，辐射华南，吸引港澳台、东南亚患者。医院还将引进国外先进的现代医学技术和人才以及国内中医药知名专家，建立中医和西医共同发展的平台，力求建成国内一流、国外有影响的综合型中西医结合医院。
医院地处广州市城市中轴线海心塔附近，东邻琶洲国际会展中心，西近新外国领事馆区，北依珠江新城中央商务区。交通便利，地铁2号线、华南快速干线、新光快速干线均从医院附近经过，南接广州高铁南站）。旁有广州城市南肺（万亩果园），就诊环境舒适，医院大院是原广州军区医学高等专科学校所在地，历史悠久、充满军营校园文化气息，古树成荫，花团锦簇，安然幽静，是理想的健康家园，生命之绿洲。
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