2024年11月发表在《自然·微生物学》杂志的一项研究发现了一种特定的肠道细菌——Lawsonibacter asaccharolyticus，在咖啡饮用者中的丰度显著高于非饮用者，约76%的咖啡消费者体内存在该菌，而非饮用者中这一比例仅为38%左右。这一发现通过包括ZOE营养研究在内的多个队列数据得到重复验证，其意义不仅在于识别出一种与咖啡相关的微生物，更因为L. asaccharolyticus似乎具有益处：它的存在与hippurate（一种与代谢和肠道健康相关的标志物）水平升高相关。事实证明，咖啡可能作为特定有益菌群的益生元。
咖啡与肠道健康的关系比"咖啡伤胃"派或"咖啡是超级食品"拥趸通常承认的更为复杂。双方都有证据支持——只是他们在描述不同人群中的不同机制。
咖啡对肠道微生物组的实际作用
咖啡是西方饮食中多酚最丰富的膳食来源之一——特别是绿原酸，在每100毫升冲泡咖啡中含量达25-50毫克。这些化合物在小肠中不能被完全吸收；相当一部分到达结肠，在那里肠道细菌对其进行代谢。执行此代谢的细菌——包括乳酸杆菌（Lactobacillus）、双歧杆菌（Bifidobacterium）和阿克曼菌（Akkermansia）属的菌种——通常被认为是有益的。它们对绿原酸的代谢产生短链脂肪酸（SCFAs），为结肠细胞提供能量，并与减少肠道炎症相关。
2024年一项综合多项研究的PMC综述发现，咖啡多酚的摄入持续增加乳酸杆菌、双歧杆菌和痰垢阿克曼菌（Akkermansia muciniphila）的浓度——后者与肠道屏障完整性和预防代谢综合征相关。这种效应在普通咖啡和低因咖啡中均存在，表明咖啡因并非主要驱动因素；多酚含量更为关键。
胃酸与胃肠动力的故事
咖啡还会刺激胃酸分泌并加速胃排空——即食物从胃部进入小肠的速度。对大多数人而言，这两种效应在临床上并不显著。但对于肠易激综合征（IBS）、胃酸反流或胃食管反流病（GERD）患者，这两种效应可能令人不适。
咖啡因在此起一定作用，但并非全部原因。咖啡还含有称为儿茶酚的化合物，会刺激胃黏膜产生激素，包括直接触发胃酸分泌的胃泌素。深度烘焙的咖啡产生更多的N-甲基吡啶（NMP），相比浅度烘焙似乎能抑制胃酸产生，使其对敏感胃部更温和。冷萃咖啡比热萃咖啡提取的这些刺激性化合物更少，这就是为什么许多对酸敏感的人发现冷萃咖啡饮用起来更舒适。
咖啡的通便效应——约三分之一的咖啡饮用者在摄入后20-30分钟内观察到——部分可由此加速的胃肠动力解释。这并非表明咖啡以有害方式"刺激"消化系统；而是多种化合物同时作用于结肠平滑肌的药理学效应。这种效应甚至存在于低因咖啡中，排除了咖啡因为唯一机制，表明绿原酸和其他化合物也参与其中。
猫屎咖啡与肠道友好型咖啡
并非所有咖啡对消化系统的刺激性都相同。通过野生麝香猫消化处理的高海拔爪哇阿拉比卡咖啡——生产猫屎咖啡（kopi luwak）的机制——经历了酶促修饰，显著改变了咖啡豆的有机酸组成。研究比较了同一产地的猫屎咖啡与常规加工咖啡，发现猫屎咖啡中苹果酸和柠檬酸浓度较低，绿原酸含量也显著降低。这些差异直接转化为对胃部更温和的饮品，同时仍能提供与微生物组益处相关的多酚负荷。
这就是简单"咖啡对肠道健康有益/有害"论述中被忽视的细微差别：产地、烘焙程度、加工方法和冲泡温度都会影响哪些化合物以何种浓度到达你的肠道。轻度烘焙、热萃取的自然处理埃塞俄比亚咖啡可能富含绿原酸和刺激性化合物，而中度烘焙、酶促处理的爪哇猫屎咖啡则向同一消化系统输送截然不同的化学谱型。"咖啡"这一类别过于宽泛，无法支持任何方向的简单健康声明。
证据实际支持的观点
综合现有研究——承认其局限性，因为大多数人类肠道微生物组研究是观察性的，无法确立因果关系——情况如下：适度咖啡消费（每天2-4杯）似乎支持有益肠道细菌，特别是多酚代谢菌种。绿原酸到达结肠的类益生元效应可能真实存在且对大多数人有益。胃部刺激效应确实存在，但可通过选择烘焙程度、冲泡方法以及与进餐时间的配合来管理。
肠易激综合征、胃食管反流病或炎症性肠病患者应根据自身消化反应行事，而非遵循一般建议。对这些群体而言，咖啡的品质和加工方法与数量同样重要。咖啡更广泛的健康益处（如定期饮用者患2型糖尿病、帕金森病和某些肝脏疾病的风险降低）在流行病学文献中已有充分记载——但肠道健康是个体差异尤为显著的领域。
最诚实的总结是：以适量摄入咖啡，可能通过向有益细菌输送多酚，对大多数人的肠道微生物组利大于弊。那些因咖啡引发真正肠道问题的人实属少数，对他们而言，解决方案通常是调整烘焙选择和冲泡方法，而非完全戒除——除非有特定临床诊断要求如此。
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