绝经后骨质疏松症(PMOP)传统上被视为雌激素撤退引发的系统性骨骼疾病，但新兴证据表明肠道菌群失调及其发酵产物——短链脂肪酸(SCFAs)对骨骼代谢具有同等重要的调控作用。雌激素缺失会增加肠道通透性，使脂多糖和促炎性T细胞从肠道迁移至骨髓，导致Th17/Treg平衡向促破骨细胞分化的细胞因子（如IL-17、TNF-α和RANKL）倾斜。无菌或T细胞缺失小鼠在卵巢切除术后不会出现骨丢失，凸显了微生物-免疫轴的核心机制作用。
横断面研究显示，PMOP患者群体呈现α多样性降低、厚壁菌门富集/拟杆菌门减少的特征，并发现丁酸盐和丙酸盐生产菌（如Butyricicoccus、Fusicatenibacter和Prevotella histicola）丰度下降。相反，克雷伯菌、大肠杆菌和梭菌等病原菌显著扩张，其内毒素和AKT2信号通路通过增强M1型巨噬细胞极化和全身炎症反应加速骨代谢异常。这些菌群变化与循环中的C端肽、骨钙素水平及髋部骨密度(BMD)显著相关，提示肠道微生物特征可作为生物标志物或治疗靶点。
将健康供体的粪菌移植至卵巢切除小鼠后，成功恢复了肠道屏障完整性，在肠道和骨髓中重新平衡Th17/Treg比例，并阻止了小梁骨丢失。补充罗伊氏乳杆菌GG(Lactobacillus rhamnosus GG)、嗜酸乳杆菌(L. reuteri)或长双歧杆菌(Bifidobacterium longum)可再现类似效果：紧密连接蛋白ZO-1和occludin表达上升，脂多糖渗漏减少，调节性T细胞分泌的IL-10和TGF-β抑制破骨生成并增强护骨蛋白表达。乳酸杆菌的代谢产物乳酸进一步诱导骨髓间充质干细胞的组蛋白乳酰化修饰，促进成骨细胞分化。
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