肠道细菌脆弱拟杆菌(Bacteroides fragilis)长期以来给研究人员带来了一个悖论。它与结直肠癌相关联,却也安然无恙地存在于大多数健康人体内。丹麦研究团队的一项新发现提供了一个可能的线索:当研究者超越细菌本身、深入其基因组时,发现了一种嵌入其中的未知病毒——这种前噬菌体在癌症患者中显著更为常见。
结直肠癌是全球第三大常见癌症,也是癌症相关死亡的第二大原因。高达80%的结直肠癌病例归因于环境因素,其中最重要的因素之一是肠道微生物组——即人体肠道内细菌、真菌和病毒的集合体。这意味着结直肠癌在理论上可能部分可预防,但微生物组与癌症之间的精确联系仍不明确。建立关联远比阐明作用机制简单得多。
目前对肠道微生物组的多数研究仅关注细菌种类及其丰度。然而物种内部存在显著差异:正如所有家犬同属一个物种(Canis familiaris),吉娃娃与大丹犬却截然不同。细菌同样具有复杂的种内多样性,仅凭物种层面的观察可能无法揭示关键信息。答案或许不在于肠道中存在哪些细菌,而在于同一物种不同菌株间的细微遗传差异。
脆弱拟杆菌通常被视为肠道微生物组中的无害成员,在多数健康人体内普遍存在。尽管如此,它反复被证实于结直肠癌患者体内更为丰富。那么,是否存在特定遗传特征使某些菌株与其他菌株区分开来?这些特征又是否与结直肠癌相关?
细菌也会感染病毒
所有细胞生命均可能遭受病毒感染,细菌亦不例外。专门感染细菌的病毒称为噬菌体(bacteriophages),源自希腊语"phagos"(意为吞噬)。它们选择性地感染细菌,且重要的是不会侵染人类细胞。
但并非所有噬菌体都会杀死宿主细菌。部分噬菌体将其基因组整合至细菌基因组内,形成所谓的前噬菌体(prophage)——即细菌细胞内的"搭便车者"。许多前噬菌体携带能改变细菌宿主特性的基因。霍乱、肉毒杆菌中毒和白喉等疾病均源于前噬菌体在原本无害细菌中携带的毒素基因,这种由无害细菌向致病菌的转化已有充分科学记录。
脆弱拟杆菌的显微照片。Gado Images/Alamy
为确定特定遗传特征是否将脆弱拟杆菌与结直肠癌关联,丹麦团队对癌症患者与健康人群的脆弱拟杆菌基因组进行测序。首先,研究者排除了癌症相关菌株源自独特进化谱系的可能性。但细菌的遗传特征不仅通过母体传递,还可通过水平基因转移(如前噬菌体感染)横向获得。
深入比对基因组后,研究者发现癌症患者体内的细菌携带两种先前未知的前噬菌体,而在健康人群细菌中几乎检测不到。这些前噬菌体虽未携带类似霍乱毒素基因的明显致病标记——因其功能大多尚未明确——但已足以引发科学关注。
更广泛的验证
该初步发现基于48份患者样本,团队进一步筛查了欧洲、美国和亚洲877人的粪便数据(434名结直肠癌患者与443名健康对照)。结果显示,癌症患者检出前噬菌体的可能性是健康人群的两倍以上。需强调的是,这仅是关联性证据,并非证明前噬菌体导致癌症的因果关系——相关生物机制尚未提出。
另一种可能是癌症患者的肠道环境更适宜此类脆弱拟杆菌菌株生长,即疾病本身创造了有利条件,而非细菌引发疾病。或者,特定肠道环境可能同时促使人体携带含前噬菌体的菌株并诱发结直肠癌。
本研究存在若干局限:初始样本来自血流感染患者而非肠癌患者,验证阶段却使用粪便样本;部分"健康"对照组未严格确认无癌。尽管如此,该发现为癌症筛查开辟了新思路。目前最常用的非侵入性筛查方法"粪便免疫化学检测"通过分析粪便中的血液痕迹诊断,未来或可同步检测病毒痕迹。
研究者初步分析显示,基于前噬菌体基因组片段的检测面板可识别约40%的结直肠癌病例。虽然结果尚处早期阶段,但证实了将病毒特征纳入现有筛查体系的可行性。这项研究的深远意义在于推动微生物组研究范式转变:理解肠道与疾病关系时,不仅需关注存在哪些细菌,更需探究细菌内部隐藏的"乘客"及其潜在作用。
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