高通量筛选:测试数百万分子寻找被忽视疾病药物
高通量筛选是一种尖端药物研发技术,通过测试大量分子对抗病原体的效果来识别潜在疗法。无国界药品发现研究所(DNDi)正与全球重要合作伙伴(包括韩国巴斯德研究所)共同运用这一工具。
在加压无菌玻璃舱内,巨型机械臂迅速将微型实验板从一个支架转移到另一个。每块实验板包含约400个微小孔穴,在这里细胞、病原体和分子混合进行超微型实验,随后由软件进行图像采集和分析。玻璃舱外,穿着防护装备的研究人员正密切监控操作流程。
微型实验的复杂设置
韩国城南市(首尔南部科技中心)的巴斯德研究所(IPK)已测试约200万种化合物对抗利什曼病和查加斯病等被忽视病原体。这项大规模工作依托名为高通量筛选的前沿技术。
DNDi通过与英国邓迪大学、日本长崎大学等机构合作,测试了总计400万种化合物。这些化合物来自同意免费共享化合物库的科研机构和制药公司。
高通量筛选原理十分直观:在直径数毫米的孔穴中培养受感染的哺乳动物细胞(包括人类细胞),通过移液管加入分子。每块手掌大的实验板可容纳384个孔穴。几天或几小时后,自动化影像分析观察细胞是否清除感染且未被分子杀死。
"在1毫米直径的液滴中建立最佳生物环境极具挑战性,可能需要数月努力。但一旦实验模型开发完成,我们每天可测试2万至5万个化合物,整个库一周内完成测试!"
——IPK药物发现团队负责人大卫·舒姆
实验微型化的特殊挑战
IPK研究人员指出,使用纳升级液体精确给药改变了流体动力学特性。在如此微小尺度上操作,使从基础生物学实验到高通量筛选的转化成为巨大跨越。
"生物学非常敏感。首要挑战是在5微升液滴中创建微环境,让宿主细胞和寄生虫表现正常。温度至关重要:如皮肤利什曼病需要将温度降低到32-33摄氏度以模拟体外生长条件。"
第二重挑战在于检测。研究人员解释:"常规实验室用显微镜观察感染细胞,现在我们使用高通量成像仪拍摄384孔板,通过算法量化寄生虫并转化为数字结果。"
人工智能助力数据分析
通过荧光染色技术可视化感染,研究人员已从过去量化2-3个维度(如寄生虫数量、感染细胞数量)发展到如今应用机器学习和AI技术,单个细胞可提取5000多个特征。
"这种大数据帮助我们发现新现象,令人振奋!"
——IPK病原体化学生物学实验室负责人吴柱焕
药物"命中"与后续优化
当分子成功清除感染时被称为"命中"。但查加斯病的初始命中率不足1%,且90%的命中化合物会因影响宿主细胞被淘汰。
药物研发团队需进行复杂的化学优化过程,调整剂量并评估安全性。最终只有2-3个候选药物能通过"死亡之谷"阶段。DNDi发现查加斯病筛选56.3万个化合物仅获得0.18%的命中率。
"这本质上是概率游戏。我们需要海量筛选。"
——DNDi发现团队负责人让-罗贝尔·伊奥塞特
突破性合作成果
赛诺菲、诺华、GSK等公司及MMV等非营利组织共享化合物库。成功的合作案例包括:
- 睡眠病口服药物acoziborole(源于Anacor化合物库)
- 查加斯病5824系列化合物(三菱田边合作)
- 黑热病候选药物DNDI-6174
IPK团队正在开发新的查加斯病检测模型,已建立黑热病药物研发管线。研究人员表示:"与DNDi的合作将最前沿技术应用于被忽视疾病,这种协作模式能真正改善患者生活。"
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