几十年来，癌症一直被认为是纯粹的人类疾病——失控增殖的异常细胞，画面中没有其他东西的空间。但越来越多的研究表明，事实并非完全如此。事实证明，一些肿瘤会"带同伴"：细菌、病毒和真菌的群落生活在癌细胞本身之上、之间甚至内部。
问题是，没有人完全确定哪些癌症确实拥有这种所谓的微生物组，哪些没有。该领域一直受到相互矛盾的主张、竞争性方法的困扰，而在一个特别具有破坏性的案例中，一项高调研究的结果因无法复制而被撤回。
自那以后，该领域一直缺乏明确的前进方向。每个研究小组都使用自己的方法和严谨程度，且没有公认的基准来验证新发现。这很重要，因为 stakes 很高。
如果微生物确实在帮助某些癌症生长、抵抗治疗或扩散，它们可能成为筛查和药物开发的新靶点。但追逐最终被证明是虚假的信号会浪费时间、金钱和宝贵的患者样本。
我们的团队着手正确解决这个问题，使用了世界上最大的癌症遗传数据集——英国基因组学的10万个基因组计划，其中包括来自16,000多个肿瘤的DNA。我们构建了我们认为迄今为止为此类工作开发的最严格分析流程，旨在剔除我们能识别的每一个错误源，然后将其应用于整个数据集。
我们最新的研究发现，大多数癌症——包括脑癌、乳腺癌和肾癌——缺乏可区分于背景的微生物组。这表明早期研究中在这些肿瘤中检测到的微生物信号可能受到了污染：来自实验室设备甚至处理样本的科学家的外来DNA。
但有些癌症不同。口腔、食道、胃和肠道的肿瘤显示出微生物生命的清晰、一致证据。而且不仅仅是细菌。我们发现病毒、真菌和古菌（与细菌相似但在基因上不同的生物）生活在这些肿瘤内部。
在某些情况下，我们检测到毛滴虫，一种单细胞原生动物寄生虫。特定的物种组合取决于癌症在消化道中的位置，并与癌症亚型和携带的基因突变数量等特征相关。
区分真实微生物与污染
确定这些微生物信号中哪些是真实的，哪些是实验室污染是该项目最困难的部分。对肿瘤进行测序意味着读取样本中的每条DNA链，包括人类和非人类的。
大多数癌症研究人员只是忽略非人类部分。我们做了相反的事。我们丢弃了人类DNA，并将剩下的所有内容与已知的微生物基因组进行匹配，以查看隐藏着什么。
然而，这种方法可能会迅速出现问题。没有单一的、确定的人类基因组可以作为衡量标准——每个人的DNA都略有不同，甚至最好的参考基因组也有缺口。任何恰好类似于微生物DNA的剩余人类序列都可能被错误地标记为命中。
然后是微生物参考库本身的错误——偶尔错误的物种会被编目，或者实验室技术人员皮肤的DNA会混入样本中。无论实验室操作多么小心，在肿瘤准备过程中几乎不可避免会有一些污染。
我们逐一解决了这些问题。我们针对多个版本的人类基因组进行了积极过滤，剔除了任何模糊或重复的内容。我们使用最新的DNA匹配软件对精心整理的微生物数据库进行比对。
为了捕捉污染，我们比较了不同癌症类型中出现的微生物：在每种癌症类型中都出现的物种几乎肯定是实验室中捡到的，而仅限于一两种癌症类型的物种更可能是真实的。
果然，我们过滤掉的几个"罪魁祸首"是在每种癌症类型中都发现的常见皮肤细菌——可能来自处理样本的研究人员。
这种大规模、细致的过滤之所以可能，仅仅是因为英国基因组学数据集的规模和质量。较小的研究根本没有足够的样本或分辨率来区分真正的生物模式和一次性的污染事件。
我们现在已将我们的数据作为可下载软件免费提供，并附上我们确信确实存在于这些肿瘤中的微生物物种列表，以便其他研究人员可以将其严格的分析方法应用于自己的数据。
希望这能为多年的相互矛盾的主张划清界限。科学家们可以将精力集中在证据最充分的领域。
这意味着追踪口腔、喉咙、胃和肠道癌症中的这些微生物群落如何影响肿瘤的发展以及它们对治疗的反应程度。最终，这可能有助于这些癌症的早期诊断和治疗。
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