一名长期新冠患者体内近乎灭绝的SARS-CoV-2谱系的高度分化样本
本研究报道了2022年10月在俄罗斯卡卢加市一名HIV阳性长期新冠患者体内发现的高度分化SARS-CoV-2样本。基因组分析显示该病毒自2020年9月与最近测序的B.1.1谱系毒株分化后累积了89个突变,其中33个位于刺突蛋白上。分子钟分析表明其突变累积速率为正常毒株的3.7倍,dN/dS值达2.2,证实存在强烈正向选择。该样本携带17个与关注变异株谱系定义相关或涉及抗体逃逸的突变,包括L452R、E484Q等"常见嫌疑突变"。研究还发现部分突变在废水样本中常见但在一般人群中罕见,暗示病毒可能在胃肠道中持续存在并适应。这些发现为SARS-CoV-2在慢性感染患者体内进化可能产生具有流行病学意义的新变异株的假设提供了进一步证据,强调了对胃肠道作为潜在病毒储存库监测的重要性。

