摘要: 多年来,科学家一直将mRNA水平作为"蓝图"来估计大脑正在制造哪些蛋白质。然而,研究表明这种蓝图常常具有误导性。利用一种名为Ribo-STAMP的革命性技术,研究人员首次绘制出小鼠海马体中2万个单个细胞的实际蛋白质生产——即翻译——的高分辨率图谱。
研究发现,脑细胞并不总是遵循其基因指令;某些"记忆神经元"以极高速率大量生产蛋白质,而其他细胞即使mRNA水平相同也保持静默。这一发现为研究自闭症和脆性X综合征等神经系统疾病中翻译过程为何出错提供了新方法。
关键发现
- "Ribo-STAMP"突破: 该技术将编辑酶与核糖体(细胞的蛋白质制造者)融合,使科学家能够"标记"并实时跟踪正在制造的确切蛋白质。
- 翻译脱节: 在大脑中,mRNA水平通常是蛋白质生产的不良预测指标,因为神经元经常将mRNA储存起来以备后用,而不是立即翻译。
- 记忆神经元差异: 虽然CA1和CA3锥体神经元外观相似,但CA3神经元的蛋白质生产率显著更高,表明它们在记忆回路中扮演更"高能量"的角色。
- 异构体影响: 研究发现,同一基因的不同版本(异构体)可以极大地改变蛋白质的生产量,为基因变异与脑部疾病之间提供了潜在联系。
- 高与低状态: 单个神经元可以处于不同的"档位"——高翻译状态用于主动通信,低翻译状态用于休息期。
消息来源: 加州大学圣地亚哥分校(UCSD)
大脑执行从形成记忆到协调运动的一切功能,都依赖于其细胞在正确时间生产正确的蛋白质。但直接测量不同脑细胞类型中的这种蛋白质生产(称为翻译)一直是个挑战。
现在,加州大学圣地亚哥分校医学院、斯克里普斯研究所(Scripps Research)及其同事的科学家们开发了一种技术,能够揭示单个脑细胞生成的蛋白质。
该研究团队使用他们称为Ribo-STAMP的方法,首次绘制出小鼠海马体中近20,000个单个细胞的蛋白质生产图谱。海马体是大脑中对学习和记忆至关重要的区域。该研究于2026年2月18日发表在《自然》杂志上。
"我们认为这项技术将使研究领域重新审视自闭症谱系障碍、脆性X综合征和结节性硬化症等神经系统疾病是否由翻译缺陷引起,"加州大学圣地亚哥分校医学院细胞与分子医学教授、RNA技术与治疗中心创始主任叶健文(Gene Yeo)博士表示。
在所有细胞中,DNA首先被转录成信使RNA(mRNA),这是DNA的临时副本,可以到达细胞内的蛋白质制造机器。在那里,代码被翻译成蛋白质,这些分子执行大多数细胞功能。
科学家经常测量mRNA水平作为细胞正在制造哪些蛋白质的替代指标。但在脑细胞中,mRNA水平与蛋白质之间存在巨大脱节。mRNA通常被储存在神经元细长的突起中,提前生产并随时待命,而不是迅速转化为蛋白质。
"尽管单细胞转录组学领域已在组织、条件和疾病中广泛扩展,但测量单细胞中的mRNA翻译一直很困难,"同时也是加州大学圣地亚哥分校桑福德干细胞研究所创新中心主任的叶健文表示,"我们开发这项技术是希望它能带来更完整的图景。"
叶健文团队先前已开发出Ribo-STAMP来直接测量细胞中的蛋白质生产。该方法通过将分子编辑酶与核糖体——执行翻译的分子机器——融合来实现。当核糖体将每个mRNA分子翻译成蛋白质时,该酶会对RNA链进行核苷酸修改。然后,科学家可以使用标准RNA测序来识别哪些RNA被修改过。
在当前研究中,研究人员首次将Ribo-STAMP应用于大脑。团队选择海马体作为研究对象,部分原因是它已被充分研究,结果可以得到验证。
"这给了我们一个完全不同的角度来观察海马体,我们发现了很多新颖而令人兴奋的现象,"斯克里普斯研究所神经科学副教授、共同通讯作者乔尔达诺·利皮(Giordano Lippi)说,"这种基础性工作对于最终了解脑部疾病发作时哪里出错是必要的。"
当他们在小鼠海马体中近20,000个单个细胞中测量翻译时,他们观察到一些超出已知范围的意外模式。
其中一个最令人惊讶的发现来自比较两种对记忆至关重要的神经元:CA1和CA3锥体细胞。尽管它们在记忆回路中的作用相似,但CA3神经元显示出比CA1神经元高得多的蛋白质生产率。
这些发现不仅揭示锥体细胞类型比先前认为的更不相似,还表明翻译在大脑回路如何协调记忆方面发挥着重要作用。
这项研究还表明,由同一基因产生的不同mRNA分子(称为异构体)如何影响相应蛋白质的产量。研究人员,包括加州大学圣地亚哥分校医学院共同第一作者萨曼莎·西森(Samantha Sison)和埃里克·科夫曼(Eric Kofman),以及斯克里普斯研究所的费德里科·赞帕(Federico Zampa),发现海马体神经元中,具有较长调控区域的异构体往往以更高速率被翻译成蛋白质。更好地理解这一联系可能揭示mRNA转录本的变异如何导致疾病。
"先前的工作表明异构体表达的变化与神经系统疾病强烈相关,但背后的原因一直未得到充分理解,"利皮说。
"我们的工作表明,如果细胞偏好一种异构体而非另一种,它们实际上可能正在改变蛋白质水平。"
除了细胞类型之间的差异外,研究人员还发现单个神经元可以处于"高"和"低"翻译状态,以截然不同的速率生产蛋白质。
处于高翻译状态的神经元往往制造参与神经元间通信和能量生产的蛋白质,这暗示翻译状态可能区分更活跃的神经元与较安静的神经元。
叶健文表示,他们关于大脑"翻译组"(被翻译成蛋白质的全部mRNAs)的数据集只是理解健康脑细胞如何协调蛋白质生产以及这对疾病意味着什么的新认识的开始。
该研究的其他合著者包括加州大学圣地亚哥分校的Pratibha Jagannatha、Grady Nguyen、Jack Naritomi、Chun-Yuan Chen、Orel Mizrahi、Steven Blue和Ryan Marina;斯克里普斯研究所的Su Yeun Choi、David Sievert、Sourish Mukhopadhyay、Dong Yang、Cailynn Wang、Zhengyuan Pang和Li Ye;麻省理工学院和哈佛大学博德研究所(Broad Institute)的Asa Shin、Akanksha Khorgade和Aziz Al'Khafaji;桑福德实验室(Sanford Laboratories)的Wenhao Jin;以及休斯顿卫理公会研究所(Houston Methodist Research Institute)的Kristopher Brannan。
资金支持: 本研究部分由美国国立卫生研究院(National Institutes of Health)的资助(grants MH126719, NS121223, EY031597, HG011864, NS103172, HG004659, HG009889和HG010646)提供支持。
关键问题解答:
问:如果mRNA不是蛋白质的可靠地图,这对旧研究意味着什么?
答:我们当前对脑部疾病的大部分理解基于"转录组学"(测量mRNA)。这项研究并没有使这些工作失效,而是添加了一个缺失的层面。它表明两个细胞可能具有相同的mRNA"潜力",但"实际"蛋白质产出却大不相同。
问:为什么有些记忆神经元比其他神经元工作更努力?
答:研究人员发现CA3神经元比CA1神经元活跃得多的蛋白质制造者。这表明CA3区域可能是海马体中的"主力军",需要更多的蛋白质合成来维持记忆存储所需的复杂回路。
问:这对治疗自闭症等疾病有何帮助?
答:许多像自闭症和脆性X综合征这样的疾病被认为是"翻译疾病"——大脑制造某些蛋白质过多或过少。Ribo-STAMP终于为科学家提供了一个工具,可以在单细胞水平上准确看到该过程在何处崩溃。
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