肠道微生物群有可能有一天成为许多疾病的早期诊断工具和治疗指导，但目前缺乏坚实的科学证据来支持这些说法。然而，随着时间的推移，越来越多的商业套件提供了自助测试，这些测试目前完全没有意义和科学依据。为了阻止这种趋势，由Gianluca Ianiro博士协调的国际专家小组制定了“使用说明”，用于微生物群测试的最佳实践，并提出了其适应症、分析方法、结果呈现和潜在临床应用的建议。在《柳叶刀胃肠病学与肝病学》上发表的一致性论文中，还回顾了该领域的当前知识空白和未来研究方向。该文件的目的是为微生物群测试的提供制定监管框架，减少不适当测试的使用，为医学中基于证据的人类微生物群诊断的发展铺平道路。
肠道微生物群是许多基本人类功能的关键调节者，从新陈代谢到免疫调节再到药物反应。其组成失衡（“失调”）也与各种肠道内外疾病相关，并可能影响对治疗的反应（包括癌症）。尽管这一领域仍处于开拓阶段，但在临床实践中已有一些应用。例如，通过粪便微生物群移植进行的微生物群操作目前是复发性艰难梭菌感染的标准治疗方法。多条研究线正在评估肠道微生物群作为诊断、预后、风险分层和治疗反应的可能工具。简而言之，兴趣和热情高涨，但目前缺乏有效的科学证据，未来的医生在大学里也没有学习如何解读微生物群测试或如何为其治疗目的进行操作。但市场比科学跑得更快，就像过去家庭基因测试的情况一样。
为了给这一新的淘金热制定规则并定义质量和准确性标准，由Fondazione Policlinico Gemelli（FPG）/Università Cattolica del Sacro Cuore（UCSC）的Antonio Gasbarrini教授、Giovanni Cammarota教授和Gianluca Ianiro博士领导的国际专家小组制定了一个共识文件，发表在《柳叶刀胃肠病学与肝病学》上。“近年来，”Fondazione Policlinico Gemelli胃肠病学部门的Serena Porcari博士回忆道，“肠道微生物群已成为诊断、预后和治疗工具的关键角色。从这个角度来看，针对微生物群本身的定向调节的第一步，是实现其分析的标准化，按照定义执行测试的最低标准进行规范。”
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