共享专业知识

共享专业知识是指一个站点合作伙伴在至少双边项目范围内向其他DZHK站点提供的科学专业知识或实验室方法。该资助计划特别使年轻科学家能够独立实现关于实验假设早期转化的小型项目构想。

共享专业知识服务列表

共享专业知识服务表包含多个站点提供的专业服务，包括柏林、哥廷根、汉堡/基尔/吕贝克、海德堡/曼海姆、美因河畔法兰克福等研究机构。以下为部分代表性服务内容：

SE002 - 血管诊断

地点：柏林

提供机构：马克斯·德尔布吕克分子医学中心(MDC)

描述：

Prof. Matthias Endres和Prof. Ulrich Dirnagl提供用于诱导小鼠局灶性脑缺血的丝线模型。通过该模型，可以研究药理干预和转基因小鼠模型对中风后"结果"的影响。同时可表征急性(数小时至数天)和慢性("长期"，数周至数月)损伤模型中的特性。

联系人：

Prof. Dr. Matthias Endres，夏里特医学院神经病学系，电子邮件：matthias.endres@charite.de
Prof. Dr. Ulrich Dirnagl，夏里特医学院实验神经病学系，电子邮件：ulrich.dirnagl@charite.de

SE003 - 平台磁共振(临床前和临床研究)

地点：柏林

提供机构：马克斯·德尔布吕克分子医学中心(MDC)

描述：

柏林超高清磁场设施(B.U.F.F.)在MDC提供了一个专门用于临床前成像的平台。这包括对小啮齿动物进行快速表型分析和心血管磁共振成像评估，以及心血管磁共振成像技术包括软硬件的开发与应用。该设施配备有用于动物成像的9.4特斯拉小孔径MR扫描仪，以及用于人体心血管成像的3.0特斯拉和7.0特斯拉MR扫描仪。夏里特医院提供专门针对多种心脏疾病的定制化CMR方案开发与应用。紧密的MDC和夏里特医院合作使所有系统的CMR方案能够在1.5特斯拉至7.0特斯拉范围内实施，因为所有系统都基于相同的平台。按照国际指南使用预定义方案进行患者研究。除了先进的临床试验外，我们还向DZHK成员提供开发定制化CMR技术和方案的专业知识。现场还提供动物S1认证饲养、患者等候室、准备室、CMR后处理软件和PACS数据存储。

联系人：

Prof. Dr. Thoralf Niendorf，MRI设施B.U.F.F.主任，电子邮件：thoralf.niendorf@mdc-berlin.de
Prof. Dr. Jeanette Schulz-Menger，心血管MR工作组负责人，电子邮件：jeanette.schulz-menger@charite.de

SE006 - 基因组学/蛋白质组学

地点：柏林

提供机构：马克斯·德尔布吕克分子医学中心(MDC)

描述：

MDC提供大型下一代测序设施和阵列技术(Affymetrix, Illumina)。MDC还配备了最新一代质谱仪。我们已建立自动蛋白质鉴定、定量和翻译后修饰检测的生物信息学工作流程。SILAC小鼠种群和无脊椎SILAC模型(D. melanogaster C. elegans)有助于体内定量蛋白质组学。

联系人：

Prof. Dr. Norbert Hübner，电子邮件：nhuebner@mdc-berlin.de
Dr. Tatiana Borodina，电子邮件：Tatiana.Borodina@mdc-berlin.de
Dr. Philipp Mertins，电子邮件：philipp.mertins@mdc-berlin.de

SE013 - 小鼠样品

地点：柏林

提供机构：马克斯·德尔布吕克分子医学中心(MDC)

描述：

该平台支持科学家研究使用特定遗传工程改造小鼠模型的心肌样品，这些模型中肌联蛋白基因被改造。这些心肌样品适用于分子生物学和组织学研究。可检测的参数包括：

单肌原纤维的收缩力、力/频率关系、被动弹性(服务现场)
通过蛋白质组和转录组分析确定信号传导通路
细胞生物学分析和生物计量学

联系人：

Prof. Dr. Michael Gotthardt，电子邮件：gotthardt@mdc-berlin.de

SE067 - 蛋白质稳态的泛素-蛋白酶体系统调控

地点：柏林

提供机构：夏里特医学院

描述：

该共享专业知识提供不同物种中蛋白酶体功能和蛋白质稳态调控的综合分析。这包括使用基于活性探针和活性位点ELISA的蛋白水解活性的先进分析。该平台可以评估不同的蛋白酶体群体：通过免疫印迹检测所有蛋白酶体亚基，通过免疫沉淀研究蛋白酶体复合物及其亚基，通过原生聚丙烯酰胺凝胶电泳(PAGE)评估蛋白酶体复合物形成，使用荧光肽底物进行凝胶内活性染色，以及使用针对蛋白酶体亚基和/或PA28的特异性抗体进行多重western blot分析。特定蛋白酶体底物可以在特定的实验设置中进行监测。基于免疫荧光的泛素化结合物、聚集样结构的分析。使用泛素报告基因构建体进行分析。

联系人：

PD Dr. Antje Beling，电子邮件：antje.beling@charite.de

SE101 - 心脏ChiP-测序

地点：慕尼黑

提供机构：亥姆霍兹慕尼黑中心

描述：

亥姆霍兹慕尼黑中心提供下一代测序(NGS)技术。我的实验室已经建立了针对核受体和相关转录因子的ChiP-测序协议，以及研究心血管系统中核受体调控转录本的RNA-Seq。因此，我们提供基因组范围内转录因子和激素受体结合位点(顺式组)的绘制以及识别其靶基因的专业知识，这些靶基因在心血管和代谢疾病中发挥重要作用。

联系人：

Dr. Nina Henriette Uhlenhaut，电子邮件：henriette.uhlenhaut@helmholtz-muenchen.de

SE137 - 相互作用和氧化还原蛋白质组学

地点：美因河畔法兰克福

提供机构：美因茨大学医学中心

描述：

蛋白质主要在稳定或动态的复杂结构中与其他生物分子相互作用，其功能可通过翻译后修饰(如氧化还原诱导修饰)来调节。该共享专业知识提供多种基于质谱的工作流程，用于研究蛋白质复合物、蛋白质复合物动态和氧化还原诱导的蛋白质修饰。除了针对目标的下拉策略中识别相互作用的蛋白质，我们还提供可以识别样品中所有稳定蛋白质组装的复杂组谱分析。通过引入SILAC作为脉冲，我们监测在发育、疾病进展或再生过程中大分子复合物内蛋白质周转的动态过程。此外，我们提供稳健的方法来识别和量化氧化还原诱导的修饰(硫醇硝基化、谷胱甘肽化、次磺酸、硫醇过氧化物)。最后，该共享专业知识还提供肽段和微蛋白的识别。

联系人：

Dr. Ilka Wittig，电子邮件：wittig@med.uni-frankfurt.de
Prof. Dr. med. Ralf P. Brandes，电子邮件：brandes@vrc.uni-frankfurt.de

SE230 - 布里渊显微镜技术在细胞和组织中的应用

地点：海德堡/曼海姆

提供机构：欧洲分子生物学实验室(EMBL)

描述：

在各种空间尺度上，细胞和组织的机械特性都非常重要，因为它们在确定生物学功能方面发挥着错综复杂的作用。然而，目前用于评估这些特性的标准技术存在内在局限性。最近，布里渊显微镜作为一种光学弹性成像技术，作为一种非破坏性、无标签且无接触的方法出现，能够以衍射极限的分辨率在三维空间探测生物样品的黏弹性特性。我们的实验室在EMBL开发了多种布里渊显微镜原型，可用于以微米级分辨率无创地评估细胞和组织力学。每个原型机都具有不同的优势，因此可以依据问题和样本类型，以不同的空间和时间分辨率来测量纵向模量。

联系人：

Dr. Robert Prevedel，电子邮件：prevedel@embl.de

SE242 - RNA成像

地点：美因河畔法兰克福

提供机构：歌德大学

描述：

单分子RNA成像(smRNA imaging)能够以单分子分辨率在固定细胞内可视化和量化单个RNA分子。该方法提供RNA定位的精确定位信息，可以检测特定核亚结构域、核-细胞质界面或特定细胞质区域内的转录本。smRNA成像可以揭示表达、加工和定位中的异质性，这些异质性是批量方法无法捕捉的。它特别适用于研究替代剪接异构体、内含子滞留、RNA转运动力学、核滞留机制，以及核小斑点或染色质区域等调控结构中RNA的积累。smRNA成像专业知识包括探针设计(例如，高信噪比的多个短寡核苷酸)、固定和透化条件的优化以保留RNA完整性，以及在超分辨率和宽场平台上的成像。定量分析涉及点状信号检测、与蛋白质标记物的共定位、空间分布图绘制以及与正交数据集的整合。

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