粪便微生物移植(FMT)已经彻底改变了复发性艰难梭菌感染(R-CDI)的医学治疗。2010年代大量随机临床试验证明了FMT治疗R-CDI患者的有效性，R-CDI已成为菌群失调的典型疾病，其特征是微生物组崩溃、细菌群落多样性降低以及微生物代谢物减少。通过多种剂型经肠给药的FMT在某些试验中治愈了超过90%的R-CDI患者，促使医学学会推荐FMT用于R-CDI治疗，并推动了设计更可扩展的FMT替代方案的努力，这些方案使用来自均质化人类肠道菌群的细菌组合或培养细菌的组合制造而成。目前，美国食品药品监督管理局(FDA)已批准2种用于预防R-CDI的粪便微生物产品(FMPs)，而一种称为"活体生物治疗产品"(LBP)的培养肠道细菌组合目前正处于3期临床试验中。通过塑造肠道微生物生态起效的FMPs和LBPs代表了治疗感染性疾病的一种全新方法。
随着FMT应用于治疗R-CDI，研究人员意识到FMT可能也能从肠道微生物群落中排除其他多重耐药菌(MDROs)。鉴于持续性MDRO肠道定植与MDRO感染风险之间的明确关联，FMT在实现MDRO定植清除或病原体负荷降低方面的潜在益处引发了兴奋。早期关于FMT用于MDRO定植清除的试验维持了这种热情，并提出了FMT可能广泛有效的机制。本期《美国医学会杂志内科学》中，Narang及其同事展示了一项新的FMT用于MDRO定植清除的随机临床试验的证据，这为我们重新评估对FMT的期望提供了机会。
在这项随机、双盲试验中，114名患有胃肠道疾病且通过连续直肠拭子定义的持续MDRO定植的患者被随机按1:1比例分配接受FMT或假治疗。作者发现，FMT组(31.0%)和假治疗组(30.4%)的定植清除率百分比没有显著差异。通过多重聚合酶链反应检测的抗菌素耐药基因决定因素也未能显示FMT和假干预之间存在显著差异，尽管两组都显示检测到的抗菌素耐药基因有所减少。这些具有启发性和价值的阴性结果提醒我们FMT研究中长期存在的挑战。第一个挑战是不同FMT产品组成和FMT给药方案的实质性异质性。尽管产品种类繁多，且给药途径和FMT前抗生素和泻药对受体微生物群的调节存在额外差异，R-CDI试验始终表明FMT是一种有效的干预措施。MDRO定植清除可能需要仅存在于部分FMT产品中的微生物或代谢物，早期MDRO定植清除试验中观察到的FMT结果差异可能反映了需要将基于微生物组的治疗方法针对特定MDRO进行定制。
FMT临床试验的另一个主要挑战是FMT受体的异质性和缺乏能够识别可能受益最多的患者的合格生物标志物。虽然R-CDI被认为是菌群失调的必然表现，但Narang等人提供了额外证据，表明MDRO定植的微生物生态更为复杂。在几乎所有R-CDI患者中观察到的低肠道微生物群落多样性在本试验中MDRO定植的参与者中并未观察到。FMT时的定植抵抗力异质性可能影响FMT结果；在先前报道的试验中，FMT前肠道微生物群落多样性较低的患者的MDRO清除率有所提高。
宿主肠道功能也可能与FMT相互作用并影响其疗效。Narang及其同事纳入了患有胰腺炎、失代偿性肝硬化、胆管炎、炎症性肠病和其他疾病的患者，每种疾病都有不同的肠道生理和典型的抗生素暴露。肝胆功能的异质性和抗生素暴露的异质性也可能导致FMT对主要结局(术后4周MDRO清除)没有观察到的效果。虽然这种多样化的人群反映了临床胃肠病学实践，但它可能稀释了对肠道微生物群定植抵抗力更受损的患者可能带来的益处。
Narang等人的试验增加了不断增长的文献，将FMT的应用从预防R-CDI的成功扩展到更广泛的对抗MDRO的斗争中。鉴于研究的严谨性，试验的阴性结果很有价值，这指向了探索替代假设的必要性。未来的微生物群试验应考虑选择那些除了MDRO定植外还表现出微生物群失调证据的患者。治疗没有菌群失调的定植可能是在要求FMT解决它从未能够解决的问题。
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