肠道微生物群研究领域经历了快速扩展，揭示了脊椎动物胃肠道中微生物群落与其宿主之间错综复杂的关系。最新证据表明，这些定居微生物在塑造宿主生理、免疫系统成熟、代谢以及对多种疾病的易感性方面发挥着关键作用。虽然肠道微生物群组成与宿主表型之间的相关性现已广为人知，但一个重大挑战依然存在：理解驱动这些关联的潜在分子和细胞机制。重要研究已经阐明了一些参与宿主-微生物交流的细菌代谢物、表面分子和信号通路，但关于特定微生物及其产物对宿主生物学的精确分子对话和因果影响，仍有许多问题有待解答。当前研究正利用多组学、已知菌群模型和系统生物学方法，从相关性研究向因果机制研究转变。然而，对跨脊椎动物类群的这些过程的整合性机制理解仍然缺乏。
本研究专题旨在促进机制性研究，增进我们对肠道微生物群如何在分子水平直接影响宿主生理学的认识。目标是收集不仅描述功能结果，还阐明支撑这些效应的分子、通路和相互作用的贡献。我们特别寻求连接微生物学、免疫学、生理学和计算生物学的研究，以回答关于宿主如何检测、响应并与微生物伙伴共同进化等关键问题。一个核心目标是阐明干预措施（如饮食改变或药物治疗）如何调节这些复杂的宿主-微生物网络，最终为基于微生物组的促进健康和对抗疾病的策略提供信息。
本研究专题的范围涵盖解决脊椎动物中肠道微生物群-宿主相互作用的分子和细胞基础的研究，从基础发现到转化见解。我们邀请涵盖实验、计算和比较视角的投稿，涉及多种脊椎动物模型。为在这些领域收集更多见解，我们欢迎原创研究、综述、小型综述、方法、观点以及期刊接受的所有类型文章，涉及但不限于以下主题：
- 介导宿主通信的微生物分子的鉴定和功能表征
- 感知微生物信号的宿主信号通路、受体和免疫机制
- 建立因果关系的已知菌群、无菌和定义菌群模型
- 绘制宿主-微生物相互作用网络的多组学和系统生物学分析
- 饮食、环境、药物和病原体对宿主-微生物交流的影响
- 粪便微生物群移植对宿主健康和疾病的分子水平影响
- 涉及宿主-微生物相互作用的潜在治疗方法
- 揭示跨脊椎动物保守和物种特异性机制的比较研究
关键词：肠道微生物群、宿主-微生物相互作用、微生物组-宿主交流、微生物代谢物、黏膜免疫、肠道屏障功能、上皮-微生物相互作用、宿主代谢
重要说明：所有提交给本研究专题的稿件必须符合其提交的期刊部分和期刊的范围，如其使命声明中所定义。Frontiers保留在同行评审的任何阶段将不符合范围的稿件引导至更合适的部分或期刊的权利。
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