抗生素耐药性（AMR）被广泛认为是重大的全球健康威胁，但其生态基础仍未得到充分探索。虽然临床病原体是监测工作的主要焦点，但越来越多的证据表明共生细菌作为抗生素耐药性基因（ARGs）储存库的关键作用。这一"沉默"的储存库在抗生素耐药性的演化和传播中发挥着关键作用，通常先于其在临床相关病原体中的出现。这些微生物存在于人类、动物和环境生态位中，构成了一个庞大而动态的耐药组，可在选择性压力下被激活。通过质粒、转座子、噬菌体和外膜囊泡（OMV）介导的水平基因转移等机制，共生细菌促进了耐药特性在生态边界之间的出现和传播。因此，了解共生耐药组的结构、功能和动态对于在"一体化健康"框架内全面阐明AMR的演化至关重要。
本研究主题旨在推进当前对共生细菌在维持、演化和传播抗生素耐药性方面作用的认识。我们希望通过整合生态学、基因组学和功能方法，超越以病原体为中心的视角，来表征人类、动物和环境组分中的共生储存库。重点放在识别塑造耐药组组成的驱动因素上，包括抗生素使用、宿主相关因素和环境压力。特别鼓励提交探索ARGs的移动潜力的研究，尤其是通过可移动遗传元件和质粒介导的转移。特别关注共生细菌与机会性病原体之间的界面，以及从无害定植到临床相关耐药性传播的转变的研究。
此外，本研究主题欢迎利用高分辨率方法（如宏基因组学、长读长测序和基因组解析分析）来揭示隐藏的储存库和传播途径的工作。通过促进跨学科视角，本系列旨在提供对抗生素耐药性生态更全面的理解，并为监测、风险评估和缓解策略提供科学依据。
我们欢迎解决共生细菌群落内抗生素耐药性的多样性、动态和功能相关性的研究。
提交内容可包括但不限于以下子主题：
• 人类肠道和口腔微生物群中的耐药组表征，重点关注相关共生菌群
• ARGs在共生和病原微生物群中基因库的可移动遗传元件和重叠
• 共生细菌群落内的水平基因转移机制
• 抗生素使用和共选择压力对人类或家畜宿主中耐药组动态的影响
• 来自共生生物的耐药决定因素的功能表征，包括适合度权衡评估
• 将ARGs从共生储存库传播到临床结果的风险框架
特别鼓励整合"一体化健康"方法、结合多个生态系统数据的研究。耐药组分析的方法学贡献和标准化方法也在范围内。所有提交内容应提供关于共生细菌在AMR出现和传播中的生态和功能作用的清晰见解。
本研究主题欢迎以下文章类型：FAIR² DATA直接提交、FAIR²数据、假设与理论、方法、小型综述、观点、原创研究、视角、综述、系统综述以及技术和代码文章。
关键词: 共生微生物群、抗生素耐药性、耐药组、水平基因转移、一体化健康、可移动遗传元件、宏基因组学
重要提示: 对本研究主题的所有贡献必须在其提交的版块和期刊的范围内，如其使命声明中所定义。Frontiers保留权利在同行评审的任何阶段将超出范围的手稿引导至更适合的版块或期刊。
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