圣迭戈讯——逾24,000名机器学习专家齐聚阳光明媚的圣迭戈会议中心，参加迄今为止规模最大的神经信息处理系统（NeurIPS）会议。本届NeurIPS 2025从超过21,000份投稿中接收了5,000多篇论文。
与会者中，生命科学领域研究者规模持续扩大，他们指出生物学正迎来属于自己的"Transformer时刻"——这与2017年《注意力机制即所需》论文的发表遥相呼应，该论文为现代人工智能架构（包括当今的大语言模型）奠定了基础。Genesis Therapeutics（创世治疗）首席执行官Evan Feinberg博士观察到，近年来NeurIPS会议中专设科学人工智能工作坊的参与人数显著增长。Feinberg向《基因工程与生物技术新闻》表示："这一交叉领域已不再是小众方向，而是成长为人工智能的重要支柱，其地位正与计算机视觉或自然语言处理领域相当。"
Genesis Therapeutics脱胎于斯坦福大学Vijay Pande博士实验室，Pande此前是a16z Bio + Health的合伙人，现任新型风投机构VZVC的联合创始人兼管理合伙人。该公司AI平台整合了扩散模型、语言模型和物理机器学习模拟技术，用于分子生成与治疗特性预测。近期，Genesis推出Pearl基础模型，该蛋白质-配体共折叠模型在原子级精度上 reportedly 超越AlphaFold3。公司近期还扩大了机器学习团队，任命Aleksandra Faust博士为首席人工智能官，Sergey Edunov为首席基础模型官。
治疗领域进展
在小分子药物发现领域，英硅智能（Insilico Medicine）创始人兼首席执行官Alex Zhavoronkov博士指出，候选药物进入临床试验的周期显著缩短，这印证了人工智能对生物学的变革性影响。英硅智能已推动十余个IND申报药物候选物研发，其中数个进入I期临床试验。今年早些时候，该公司在《自然·医学》发表了新型TNIK抑制剂的IIa期临床试验结果。
英硅智能全球AI平台负责人Petrina Kamya博士表示："我们最初作为软件公司起步时，外界对软件的实际能力持高度怀疑态度。如今在短短五年内构建起自主研发管线，充分验证了平台价值。"
在生物制剂领域，Chai Discovery联合创始人Joshua Meier指出，抗体设计领域仅用两年时间就取得重大突破，尤其针对G蛋白偶联受体（GPCRs）等需要原子级精度的难治靶点。Chai近期推出的多模态生成模型Chai-2，在从头抗体设计中实现16%的命中率，较传统方法不足1%的成功率大幅提升。
Meier在《基因工程与生物技术新闻》采访中表示："若在今年早些时候询问人们'从头抗体设计何时能实现'，许多人认为还需五年。而我们在相关讨论两周后就发布了成果，向业界证明这项技术现已落地。"Chai-2加入日益壮大的从头抗体模型生态，该生态还包括华盛顿大学诺贝尔奖得主David Baker博士实验室开发的RFantibody，以及哈佛医学院著名遗传学家George Church博士实验室衍生企业Nabla Bio推出的JAM-2。
在NeurIPS会议期间，虚拟细胞开发者们热切期待Arc研究所首届虚拟细胞挑战赛的最终结果。出人意料的是，这场由英伟达、10x Genomics和Ultima Genomics赞助的公开竞赛，宣布将两项各值10万美元的大奖授予"最佳"预测细胞对基因扰动响应的机器学习模型。
新设立的"通才奖"授予了Altos Labs——这家2022年1月以30亿美元融资成立的营利性生物科技公司，致力于通过细胞再生恢复细胞健康与韧性。该额外奖项突显了为复杂生物学建立稳健基准的挑战性。
与此同时，Altos联合微软研究院展示了scGeneScope平台，该平台由Altos高级机器学习科学家Joel Dapello博士和Marcel Nassar博士领导开发。研究探索了如何利用Altos独特的单细胞RNA测序与细胞绘画图像配对数据集重新训练和测试模型，以识别实验室变量下的扰动机制。团队还发布了PerturBench标准化基准平台，用于预测细胞对基因或化学扰动的响应。
在临床转化领域，Noetik联合创始人兼首席执行官Ron Alfa医学博士指出，公司目标是构建癌症生物学基础模型以支持患者级决策。他强调，人工智能驱动生物学的终极目标是实现从传统假设驱动研究向计算机模拟实验的范式转变。为践行这一使命，Noetik建立了大规模扰动实验的体内小鼠平台，团队目前正在构建模拟人类数据与小鼠实验的映射关系以加速转化研究。
在基因组学领域，23andMe展示了PRSformer——一种新型深度学习架构，可在群体规模实现全基因组疾病风险预测。研究证明，非线性效应仅在达到特定数据规模后才可被检测。该项目由芝加哥大学助理教授、Biohub人工智能高级总监Aly Khan博士领导。
随着NeurIPS 2025圆满落幕，业界持续见证AI驱动生物学这一新兴支柱领域的生根发芽。
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