自然界中的蛋白质解决了进化过程中出现的所有问题。它们消化我们的食物,调节我们思考时大脑中的电流,驱动我们的运动。它们几乎就像神奇的东西。而能够设计新蛋白质的前景在于,我们现在可以解决那些在进化过程中并不相关、但对当今人类非常重要的挑战。这些是自然界从未面临过的难题,是自然没有时间或机会去发展出应对手段的事物,例如降解人造杀虫剂、治愈阿尔茨海默病、结合这一新的癌症靶点、以更环保的方式固氮。
这个项目大约始于一年前,由NVIDIA Research和华盛顿大学贝克实验室(Baker Lab)的一小群研究人员共同发起。与NVIDIA的合作在基础层面的算法优化和非凡的专业知识方面非常出色。它让我看到,在正确的时间、正确的地点、拥有正确的资源时,可以实现怎样的创新。
RFD4Proteina将RF-Diffusion系列模型的概念与NVIDIA开发的Proteina-Complexa系列模型的概念结合在一起,创造出比以往任何模型都更强大的工具。当我们第一次看到计算机给出的结果时,简直不敢相信。它们好得令人难以置信。我们想要把这个模型投入真正的测试。
从一个想法或概念验证到一瓶可以注射给患者的药物,需要很长时间。这是一个10到12年的过程,中间大约要花费10亿美元。随着RFD4ProTina的推出,我们看到了这些可以直接从计算机中取出的分子,它们不仅能结合我们预期的靶点,而且这些设计产物的结合紧密程度提高了10到1000倍。这是利用计算工具加速药物设计过程的巨大进步。
我从事的是降解杀虫剂的酶的研究。酶很棒,因为它们能进行非常选择性的化学反应,所以最终对世界更清洁。我已经研究这个问题一年了。借助新模型RF-Diffusion 4 Proteina,我们只用了四天就完成了。不仅如此,我们发现的最佳酶比我过去一年开发的酶还要好1000多倍。化学的进行方式将被永远改变。我非常激动地期待看到人们用RFD4 Proteina做出所有伟大的事情,以及它如何让世界变得更美好。
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