儿童在子宫内或生命早期接触抗生素，通常不会增加青少年期罹患自身免疫疾病的总体风险，但这种关系存在复杂性。这是通过对600多万儿童进行研究后得出的结论。
1980年代提出的卫生假说认为早期微生物接触可训练免疫系统，避免其对无害物质过度反应。这一理论促使人们质疑抗生素改变肠道菌群可能引发自身免疫疾病的可能性。德国明斯特大学Martin Kriegel指出，已有大量动物研究表明抗生素使用与免疫力变化存在关联。
例如2016年小鼠实验显示，生命早期重复使用抗生素会使I型糖尿病发病率提升：实验组雌鼠发病率高达80%，而对照组仅50%。人类研究也发现抗生素处方者患炎症性肠病风险增加40%，类固醇性关节炎风险增加60%。
但其他研究显示相反结果。2017年对15,000名儿童的研究发现，4岁前使用抗生素与I型糖尿病或乳糜泻无关联。最新研究追踪了韩国260万孕期感染儿童及340万出生半年内感染儿童，发现无论产前产后接触抗生素，均未增加自身免疫疾病风险。
这种差异性可能源于肠道微生物组的高度复杂性。研究显示：
- 广谱抗生素使用与儿童克罗恩病风险增加相关
- 出生两月内使用抗生素者甲状腺炎风险增加30%
- 饮食等未被研究的因素可能影响菌群平衡
美国妇产科医师学会Christopher Zahn强调，孕期使用抗生素需权衡利弊，如治疗尿路感染可降低早产风险。某些抗生素如针对Enterococcus gallinarum的药物甚至可能抑制自身免疫反应。
最新研究为孕妇和幼儿家长提供了用药信心，但专家提醒微生物组影响因素复杂，需持续深入研究。
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