许多纯素食者无法声称他们比食肉者拥有更健康的肠道，因为研究表明，人们的日常食物选择比是否吃肉和奶制品更为重要。
一项针对656名纯素食者的研究将其与超过1,000名素食者和近20,000名食肉者进行了比较，发现那些拒绝吃肉、奶制品和鸡蛋的人不一定拥有更健康的肠道细菌平衡。许多纯素食者可能认为自己拥有最好的肠道菌群——这些生活在我们体内并受饮食影响的细菌可以防止与心脏问题、中风和癌症相关联的危险炎症。但研究发现，不过量食用肉类并且也摄入各种水果和蔬菜的食肉者，其肠道内的“有益”细菌与健康的纯素食者相似。不健康饮食的纯素食者被发现拥有较少的有益肠道细菌。
这一发现基于来自英国的一大批人，这些人注册了ZOE个人营养应用程序和研究项目，并记录了他们的饮食，然后从粪便样本中分析了他们的肠道菌群。该研究由伦敦国王学院的研究人员参与，并发表在《自然微生物学》杂志上，还发现纯素食者的肠道缺乏人们通过食用奶制品进入体内的细菌。这些细菌非常重要，因此它们被包含在一些益生菌饮料中以提升人们的肠道健康。
意大利特伦托大学的高级作者尼古拉·塞加塔教授说：“成为纯素食者或素食者，相对于食肉者而言，对于你的肠道细菌来说不如你实际上吃什么重要。”“当涉及到生活在你肠道中的细菌时，这项研究表明，没有必要为了成为纯素食者或素食者而从饮食中剔除单一的食物种类，如肉类或奶制品。”“肉类和奶制品，像任何食物一样，如果适量食用，并不会对肠道细菌的平衡产生实质性负面影响。”“大量食用超加工食品的纯素食者可能会有不健康的肠道，而饮食多样化且包括多种植物的食肉者可能会有健康的肠道。”
然而，作者指出，在实践中，纯素食者和素食者往往比食肉者吃得更健康，并拥有更好的肠道细菌平衡。这项研究分析了来自英国、美国和意大利的21,561人的肠道细菌，发现纯素食者通常拥有更多分解水果和蔬菜纤维所需的肠道细菌。这些肠道细菌通常会产生短链脂肪酸，这与较低的肠道和身体炎症有关，因此可能降低心脏病发作和中风的风险。不出所料，食肉者被发现拥有帮助消化肉类的肠道细菌，这些细菌与更高的结肠癌风险相关——在食用过多红肉和加工肉的人群中更为常见——以及更高的炎症性肠病（如克罗恩病和溃疡性结肠炎）风险。
但纯素食者的肠道中，Streptococcus thermophilus和乳酸菌等通过食用奶制品进入人体的细菌水平低于素食者和食肉者。这些细菌对免疫系统很重要，可以减少体内的炎症，从而降低溃疡性结肠炎等炎症性肠病以及关节炎和心脏病等炎症性疾病的风险。该研究考察了人们食用的植物性食物的种类和数量，发现这与肠道细菌的健康状况关联更大，而不是他们是否恰好是纯素食者、素食者或杂食者。塞加塔教授说：“从肠道细菌的角度来看，我们可以普遍推荐的是，重要的是要食用大量的尽可能多的不同植物性食物，特别是富含纤维的食物，并且食物多样性很重要。”
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