发酵食品具有各种意想不到的健康益处，包括预防感染，据消化健康专家称。发酵食品包括酸奶、传统发酵粥、穆尔西克（一种裂谷地区尤其是卡伦金族的传统饮品）和传统酿造酒如布萨。这些食品可以改变肠道中细菌、病毒和真菌的组成（即肠道微生物群），从而防止腹泻等症状的发生。
胃肠病学专家埃里克·穆鲁恩加博士表示：“有益细菌与有害细菌争夺营养物质，这有助于减少可能导致疾病的细菌种类。”
斯坦福大学医学院的研究人员在观察36名成年人进行为期10周的饮食实验后，确实发现了饮食对肠道微生物和免疫状态的影响。一组人食用了大量酸奶、发酵乳酪、韩国泡菜（由发酵白菜或萝卜制成）、康普茶（一种发酵茶）和开菲尔，而另一组人则食用豆类、水果、蔬菜、全谷物和坚果。
研究结果发表在2021年的《细胞》杂志上，揭示了人们食用的发酵食品越多，其肠道中出现的微生物种类就越多。相比之下，高纤维组并未发生这种变化。
穆鲁恩加博士解释说，发酵食品增强了肠壁的屏障功能，“这抑制了感染穿透肠壁进入体内的可能性。”
健康的饮食加上良好的消化系统，确保食物顺畅流动，从而为有益细菌创造一个适宜的环境。然而，忽视健康的蔬菜摄入可能会导致便秘，影响食物流动，“这反过来会扰乱有益细菌并改变微生物群。”穆鲁恩加博士补充道。
发酵过程发生在细菌和酵母分解糖分时，增强食品的保存性能，同时增加肠道中有益细菌（益生菌）的数量。2008年发表在《国际食品微生物学杂志》上的一项研究表明，发酵的马赛牛奶“库勒诺托”含有益生菌，可以改善消化和免疫力。
根据2010年发表在《有益微生物杂志》上的研究，来自肯尼亚姆贝雷的传统发酵小米面团也被发现比商业产品更有益，胃肠病学家克里斯托弗·奥皮奥博士指出，后者往往是为了利用消费者的无知而营销的。
任何人的微生物群构成受多种因素影响，包括基因、健康状况和药物如抗生素，但环境因素、饮食模式和药物（包括长期使用抗生素）也可能破坏个人的肠道微生物群，奥皮奥博士表示，抗生素会破坏好菌和坏菌。
穆鲁恩加博士说，消化系统的手术会影响食物的流动，“这种中断的流动有利于有害细菌的生长，超过有益细菌。”此外，某些条件如糖尿病也会破坏肠道的微生物群。
发酵食品并非对每个人都有效，有些人可能会出现胀气和腹胀等问题，而且处理不当还可能成为食物中毒的来源。一些谷物也可能含有黄曲霉毒素，“如果加工不当，可能会致癌。”奥皮奥博士补充道。
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