认知功能障碍（俗称"脑雾"）是指思维、记忆和推理等智力功能出现严重衰退，足以干扰日常生活的能力。患者常表现为语言回忆困难、基础算术障碍和注意力难以集中。
根据马歇尔致病假说，认知功能障碍由微生物感染引发。在阿尔茨海默病等疾病中可见更严重的认知功能障碍症状，这些疾病已被证实具有明确的细菌病因学证据。该症状常伴随慢性疲劳综合征出现，并在多发性硬化症、抑郁症、纤维肌痛症等数十种疾病患者中普遍存在。
与所有炎症疾病症状相同，认知功能障碍可能在免疫病理反应期暂时加剧。通过采用通用的免疫病理反应管理策略可有效控制症状，且随着马歇尔方案（MP）的持续进行应逐步缓解。部分研究显示，与男性患者相比，女性患者出现认知功能障碍的频率和严重程度更高。
症状管理
若症状严重影响生活，可考虑减少抗生素剂量。需注意停用抗生素可能导致症状在特定时期内恶化。
不建议系统性使用莫达非尼（普罗维治）等兴奋剂来管理疲劳或认知功能障碍症状。
生物学基础
- 严重败血症后的认知衰退：研究人员追踪调查了516名严重败血症存活者和4517名非败血症住院存活者，受试者平均入院年龄为76.9岁。数据显示，严重败血症出院后，认知和躯体功能障碍风险显著增加，且这种影响在8年随访期内持续存在。
- 动物模型中的免疫细胞衰老：《新科学家》报道的实验显示，弗吉尼亚大学团队通过培育缺乏CD4细胞（一种T细胞）的小鼠，发现这些小鼠在学习记忆任务中表现极差，但注射健康小鼠的CD4细胞后记忆能力改善。当清除健康小鼠的CD4细胞时，其记忆功能下降。研究还发现，学习新任务会触发大脑的轻度应激反应，促使CD4细胞聚集在脑膜处释放IL-4，这种细胞因子既能关闭应激反应，又可指示星形胶质细胞释放脑源性神经营养因子，增强学习能力。虽然动物研究与人类认知的关联尚未明确，但化疗导致"化疗脑"（认知障碍）等现象提供了间接证据。
患者体验
"在20多岁时我开始'丢失名词'，虽然能描述物体却叫不出名称。后来输入数字时常混淆3和8，E和I，阅读速度显著减慢，甚至出现文字顺序错乱。处理法律事务时（克莱尔曾是公司律师），就像站在熟悉街区的边缘却找不到路径，决策变得愈发困难。有时听到某些词汇就像听外语，这种感觉类似立体声听力丧失导致的理解障碍。"
克莱尔, Marshallprotocol.com
"经过26个月的MP治疗，我的大脑持续康复。每半年与父母见面时，他们都能观察到明显变化。现在能重读书籍，数学能力恢复（虽不能授课），词汇回忆能力显著改善，甚至能使用多年未用的词汇。"
艾琳, Marshallprotocol.com
"治疗18个月后记忆逐步恢复，已能处理家务。原本怀疑我需看精神科医生的丈夫，现在主动建议女儿向我的医生咨询。"
萨莉Q, CureMyTh1.org
"由于问题多集中在认知层面，我常难以察觉改善迹象，直到某天发现'原来这事并不难'。"
吉米_吉姆吉姆, MarshallProtocol.com
"经过两年MP治疗，偶发的脑雾程度仅相当于普通人的短暂'恍惚'状态。"
维基SA, MarshallProtocol.com
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