识别与免疫浸润相关的脱落凋亡生物标志物以诊断急性心肌梗死
本研究旨在识别用于急性心肌梗死(AMI)早期诊断的新生物标志物。研究者从Gene Expression Omnibus (GEO)数据库下载了GSE66360和GSE48060数据集。使用"limma"工具筛选差异表达基因(DEGs)。从GeneCard数据库获取了557个与脱落凋亡(anoikis)相关的基因(ARGs)。通过将DEGs与ARGs交叉分析得到差异表达的ARGs(DEARGs)。使用最小绝对收缩和选择算子(LASSO)、支持向量机(SVM)和随机森林(RF)筛选核心DEARGs。使用实时定量聚合酶链反应(RT-qPCR)确定核心DEARGs的表达。共获得21个DEARGs,它们在AMI样本中均上调表达。功能富集分析显示,DEARGs主要富集在肽酶活性和细胞外基质相关功能。免疫细胞浸润分析揭示了AMI组与正常组之间14种免疫细胞存在显著差异。通过LASSO、SVM和RF筛选出9个特征风险基因,包括ITPRIP、MMP9、NAMPT、CDKN1A、PLAUR、PLAU、SERPINA1、THBS1和FN1。RT-qPCR分析验证了这些特征基因在AMI患者中上调表达,与主要生物信息学分析结果基本一致。研究者还在GSE48060数据集中验证了9个核心DEARGs,并通过整合这些DEARGs构建了列线图(nomogram)。本研究分析了AMI和正常样本中ARGs的差异表达和免疫谱型,筛选出9个预测AMI的风险特征基因,为AMI的免疫治疗方案提供了理论基础。
关键词: 急性心肌梗死;脱落凋亡;生物标志物;免疫浸润;列线图
图8 列线图的建立与验证。A,通过RT-qPCR评估急性心肌梗死(AMI)患者和健康对照者的血液样本中的基因表达。数据以均值和标准差表示。*P<0.05(t检验)。B,AMI诊断的列线图。C,列线图的校准曲线。D,列线图的决策曲线分析。E,ROC曲线:AUC为0.962。F,评估列线图和单个基因预后准确性的ROC曲线。ROC:受试者工作特征曲线。AUC:ROC曲线下面积。
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